永初元年夏六月丁卯，设坛于南郊，即皇帝位，柴燎告天。策曰：
皇帝臣讳，敢用玄牡，昭告后天后帝。晋帝以卜世告终，历数有归，钦若景运，以命于讳。夫树君宰世，天下为公，德充帝王，乐推攸集。越俶唐、虞，降暨汉、魏，一靡一不以上哲格文祖，元勋陟帝位，故能大拯黔首，垂训无穷。晋自东迁，四维不振，宰辅凭依，为日已久。难棘隆安，祸成元兴，遂至帝主迁播，宗礼堙灭。讳虽地非齐、晋，众无一旅，仰愤时难，俯悼横流，投袂一援，则皇祀克复。及危而能持，颠而能扶，一奸一宄具歼，僭伪必灭。诚兴废有期，否终有数。至于大造晋室，拨乱济民，因藉时来，实一尸一其重。加以殊俗慕义，重译来庭，正朔所暨，咸服声教。至乃三灵垂象，山川告祥，人神协祉，岁月滋著。是以群公卿士，亿兆夷人，佥曰皇灵降鉴于上，晋朝款诚于下，天命不可以久淹，宸极不可以暂旷。遂一逼一群议，恭兹大礼。猥以寡德，托于兆民之上，虽仰畏天威，略是小节，顾深永怀，祗惧若霣。敬简元辰，升坛受禅，告类上帝，用酬万国之情。克隆天保，永祚于有宋。惟明灵是飨。
礼毕，备法驾幸建康宫，临太极前殿。诏曰：“夫世代迭兴，承天统极。虽遭遇异途，因革殊事，若乃功济区宇，道振生民，兴废所阶，异世一揆。朕以寡薄，属当艰运，藉否终之期，因士民之力，用获拯溺，匡世揆乱，安国宁民，业未半古，功参曩烈。晋氏以多难仍遘，历运已移，钦若前王，宪章令轨，用集大命于朕躬。惟德匪嗣，辞不获申，遂祗顺三灵，飨兹景祚，燔柴于南郊，受终于文祖。猥当与能之期，爰集乐推之运，嘉祚肇开，隆庆惟始，思俾休嘉，惠兹兆庶。其大赦天下。改晋元熙二年为永初元年。赐民爵二级。鳏寡孤独不能自存者，人谷五斛。逋租宿债勿复收。其有犯乡论清议、赃污一婬一盗，一皆荡涤洗除，与之更始。长徒之身，特皆原遣。亡官失爵，禁锢夺劳，一依旧准。”
封晋帝为零陵王，全食一郡。载天子旌旗，乘五时副车，行晋正朔，郊祀天地礼乐制度，皆用晋典。上书不为表，答表勿称诏。追尊皇考为孝穆皇帝，皇妣为穆皇后，尊王太后为皇太后。诏曰：“夫微禹之感，叹深后昆，盛德必祀，道隆百世。晋氏封爵，咸随运改，至于德参微管，勋济苍生，一爱一人怀树，犹或勿翦，虽在异代，义无泯绝。降杀之仪，一依前典。可降始兴公封始兴县公，庐陵公封柴桑县公，各千户；始安公封荔浦县侯，长沙公封醴陵县侯，康乐公可即封县侯，各五百户：以奉晋故丞相王导、太傅谢安、大将军温峤、大司马陶侃、车骑将军谢玄之祀。其宣力义熙，豫同艰难者，一仍本秩，无所减降。”封晋临川王司马宝为西丰县侯，食邑千户。
庚午，以司空道怜为太尉，封长沙王。追封司徒道规为临川王。尚书仆射徐羡之加镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军，中领军刘义欣为青州刺史。立南郡公义庆为临川王。又诏曰：“夫铭功纪劳，有国之要典，慎终追旧，在心之所隆。自大业创基，十有七载，世路迍邅，戎车岁动，自东徂西，一靡一有宁日。实赖将帅竭心，文武尽效；宁内拓外，迄用有成。威灵远著，寇逆消荡，遂当揖让之礼，猥飨天人之祚。念功简劳，无忘鉴寐，凡厥诚勤，宜同国庆。其酬赏复除之科，以时论举。战亡之身，厚加复赠。”乙亥，立桂一陽一公义真为庐陵王，彭城公义隆为宜都王，第四皇子义康为彭城王。
丁丑，诏曰：“古之王者，巡狩省方，躬览民物，搜扬幽隐，拯灾恤患，用能风泽遐被，远至迩安。朕以寡暗，道谢前哲，因受终之期，托兆庶之上，鉴寐属虑，思求民瘼。才弱事艰，若无津济，夕惕永念，心驰遐域。可遣大使分行四方，旌贤举善，问所疾苦。其有狱讼亏滥，政刑乖愆，伤化扰治，未允民听者，皆当具以事闻。万事之宜，无失厥中。暢朝迁乃眷之旨，宣下民壅隔之情。”戊寅，诏曰：“百官事殷俸薄，禄不代耕。虽国储未丰，要令公私周济。诸供纳昔减半者，可悉复旧。六军见禄粗可，不在此例。其余官僚，或自本俸素少者，亦畴量增之。”乙卯，改晋《泰始历》为《永初历》。
秋七月丁亥，原放劫贼余口没在台府者，诸徙家并听还本土。又运舟材及运船，不复下诸郡输出，悉委都水别量。台府所须，皆别遣主帅与民和市，即时裨直，不复责租民求办。又停废虏车牛，不得以官威假借。又以市税繁苦，优量减降。从征关、洛，殒身战场，幽没不反者，赡赐其家。己丑，陈留王曹虔嗣薨。辛卯，复置五校三将官，增殿中将军员二十人，余在员外。戊戌，后将军、雍州刺史赵伦之进号安北将军；征虏将军、北徐州刺史刘怀慎进号平北将军；征西大将军、开府仪同三司杨盛进号车骑大将军。甲辰，镇西将军李歆进号征西将军，平西将军乞佛炽盘进号安西大将军，征东将军高句骊王高琏进号征东大将军，镇东将军百济王扶余映进号镇东大将军。置东宫冗从仆射、旅贲中郎将官。戊申，迁神主于太庙，车驾亲奉。壬子，诏曰：“往者军国务殷，事有权制，劫科峻重，施之一时。今王道维新，政和法简，可一除之，还遵旧条。反叛一婬一盗三犯补冶士，本谓一事三犯，终无悛革。主者顷多并数众事，合而为三，甚违立制之旨，普更申明。”
八月戊午，西中郎将、荆州刺史宜都王讳进号镇西将军。辛酉，开亡叛赦，限内首出，蠲租布二年。先有资状、黄籍犹存者，听复本注。诸旧郡县以北为名者，悉除；寓方于南者，听以南为号。又制有无故自残伤者补冶士，实由政刑烦苛，民不堪命，可除此条。罢青州并兗州。戊辰，诏曰：“彭、沛、下邳三郡，首事所基，情义缱绻，事由情奖，古今所同。彭城桑梓本乡，加隆攸在，优复之制，宜同丰、沛。其沛郡、下邳可复租布三十年。”辛未，追谥妃臧氏为敬皇后。癸酉，立王太子为皇太子。乙亥，诏曰：“朕承历受终，猥飨天命。荷积善之祚，藉士民之力，率由令范。先后祗严宣训，七庙肇建，情敬无违。加以储宫备礼，皇基弥固，国庆家礼，爰集旬日，岂予一人，独荷兹庆。其见刑罪无轻重，可悉原赦。限百日，以今为始。先因军事所发奴僮，各还本主；若死亡及勋劳破免，亦依限还直。”
闰月壬午朔，诏曰：“晋世帝后及籓王诸陵守卫，宜便置格。其名贤先哲，见优前代，或立德著节，或宁乱庇民，坟茔未远，并宜洒扫。主者具条以闻。”丁酉，特进、左光禄大夫孔季恭加开府仪同三司。辛丑，诏曰：“主者处案虽多所谘详，若众官命议，宜令明审。自顷或总称参详，于文漫略。自今有厝意者，皆当指名其人；所见不同，依旧继启。”又诏曰：“诸处冬使，或遣或不，事役宜省，今可悉停。唯元正大庆，不在其例。郡县遣冬使诣州及都督府，亦停之。”九月壬子朔，置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申，置都官尚书。冬十月辛卯，改晋所用王肃祥禫二十六月仪，依郑玄二十七月而后除。十二月辛巳朔，车驾临延贤堂听讼。
二年春正月辛酉，车驾祠南郊，大赦天下。丙寅，断金银涂。以扬州刺史庐陵王义真为司徒，以尚书仆射、镇军将军徐羡之为尚书令、扬州刺史。丙子，南康揭一陽一蛮反，郡县讨破之。己卯，禁丧事用铜钉。罢会稽郡府。二月己丑，车驾幸延贤堂策试诸州郡秀才、孝廉。扬州秀才顾练、豫州秀才殷朗所对称旨，并以为著作佐郎。戊申，制中二千石加公田一顷。三月乙丑，初限荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限。夏四月己卯朔，诏曰：“一婬一祠惑民费财，前典所绝，可并下在所除诸房庙。其先贤及以勋德立祠者，不在此例。”戊申，车驾于华林园听讼。己亥，以左卫将军王仲德为冀州刺史。五月己酉，置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官。甲戌，车驾又幸华林园听讼。六月壬寅，诏曰：“杖罚虽有旧科，然职务殷碎，推坐相寻。若皆有其实，则体所不堪；文行而已，又非设罚之意。可筹量觕为中否之格。”车驾又于华林园听讼。甲辰，制诸署敕吏四品以下，又府署所得辄罚者，听统府寺行四十杖。秋七月己巳，地震。八月壬辰，车驾又于华林园听讼。九月己丑，零陵王薨。车驾三朝率百僚举哀于朝堂，一依魏明帝服山一陽一公故事。太尉持节监护，葬以晋礼。冬十月丁酉，诏曰：“兵制峻重，务在得宜。役身死叛，辄考傍亲，流迁弥广，未见其极。遂令冠带之伦，沦陷非所。宜革以弘泰，去其密科。自今犯罪充兵合举户从役者，便付营押领。其有户统及谪止一身者，不得复侵滥服亲，以相连染。”己亥，以凉州胡帅大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。癸卯，车驾于延贤堂听讼。以员外散骑常侍应袭为宁州刺史。
三年春正月甲辰朔，诏刑罚无轻重，悉皆原降。壬子，以前冀州刺史王仲德为徐州刺史。癸丑，以尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，刺史如故。抚军将军、江州刺史王弘进号卫将军、开府仪同三司，太子詹事傅亮为尚书仆射，中领军谢晦为领军将军。乙卯，以辅国将军一毛一德祖为司州刺史。乙丑，诏曰：“古之建国，教学为先，弘风训世，莫尚于此；发蒙启滞，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇学艺，修建庠序。自昔多故，戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻，军旅日陈，俎豆藏器，训诱之风，将坠于地。后生大惧于墙面，故老窃叹于子衿。此《国风》所以永思，《小雅》所以怀古。今王略远届，华域载清，仰风之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶奖童蒙，选备儒官，弘振国学。主者考详旧典，以时施行。”二月丁丑，诏曰：“豫州南临江浒，北接河、洛，民荒境旷，转输艰远，抚莅之宜，各有其便。淮西诸郡，可立为豫州；自淮以东，为南豫州。”以豫州刺史彭城王义康为南豫州刺史，征虏将军刘粹为豫州刺史。又分荆州十郡还立湘州，左卫将军张纪为湘州刺史。戊寅，以徐州之梁，还属豫州。三月，上不豫。太尉长沙王道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济并入侍医药。群臣请祈祷神祇，上不许，唯使侍中谢方明以疾告庙而已。丁未，以司徒庐陵王义真为车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。上疾瘳，己未，大赦天下。时秦雍流户悉南入梁州。庚申，送珝绢万匹，荆、雍州运米，委州刺史随宜赋给。辛酉，亡命刁弥攻京城，得入，太尉留府司马陆仲元讨斩之。夏四月乙亥，封仇池公杨盛为武都王，平南将军杨抚进号安南将军。丁亥，以车骑司马徐琰为兗州刺史。庚寅，左光禄大夫、开府仪同三司孔季恭薨。五月，上疾甚，召太子诫之曰：“檀道济虽有干略，而无远志，非如兄韶有难御之气也。徐羡之、傅亮当无异图。谢晦数从征伐，颇识机变，若有同异，必此人也。小却，可以会稽、江州处之。”又为手诏曰：“朝廷不须复有别府，宰相带扬州，可置甲士千人。若大臣中任要，宜有爪牙以备不祥人者，可以台见队给之。有征讨悉配以台见军队，行还复旧。后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。仗既不许入台殿门，要重人可详给班剑。”癸亥，上崩于西殿，时年六十。秋七月己酉，葬丹一陽一建康县蒋山初宁陵。
上清简寡欲，严整有法度，未尝视珠玉舆马之饰，后一庭无纨绮丝竹之音。宁州尝献虎魄枕，光色甚丽。时将北征，以虎魄治金创，上大悦，命捣碎分付诸将。平关中，得姚兴从女，有盛一宠一，以之废事。谢晦谏，即时遣出。财帛皆在外府，内无私藏。宋台既建，有司奏东西堂施局脚一床一、银涂钉，上不许；使用直脚一床一，钉用铁。诸主出适，遣送不过二十万，无锦绣金玉。内外奉禁，莫不节俭。一性一尤简易，常著连齿木履，好出神虎门逍遥，左右从者不过十余人。时徐羡之住西州，尝思羡之，便步出西掖门；羽仪络绎追随，已出西明门矣。诸子旦问起居，入皞，脱公服，止著裙帽，如家人之礼。孝武大明中，坏上所居一陰一室，于其处起玉烛殿，与群臣观之。一床一头有土鄣，壁上挂葛灯笼、麻绳拂。侍中袁鳷盛称上俭素之德。孝武不答，独曰：“田舍公得此，以为过矣。”故能光有天下，克成大业者焉。
史臣曰：汉氏载祀四百，比胙隆周，虽复四海横溃，而民系刘氏，惵惵黔首，未有迁奉之心。魏武直以兵威服众，故能坐移天历；鼎运虽改，而民未忘汉。及魏室衰孤，怨非结下。晋籍宰辅之一柄一，因皇族之微，世擅重权，用基王业。至于宋祖受命，义越前模。晋自社庙南迁，禄去王室，朝权国命，递归台辅。君道虽存，主威久谢。桓温雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。自斯以后，晋道弥昏，道子开其祸端，元显成其末衅，桓玄藉运乘时，加以先父之业，因基革命，人无异心。高祖地非桓、文，众无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，祀晋配天，不失旧物，诛内清外，功格区宇。至于钟石变声，柴天改物，民已去晋，异于延康之初，功实静乱，又殊咸熙之末。所以恭皇高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉！