吕僧珍字元瑜，东平范县人，世代居住便陵，家里很贫寒。小时候从师学习，有相面人看遍了众学生，指着僧珍说：“这孩子声音不同寻常，是封侯之相。”在萧顺之那里作门下书佐。身长七尺七寸，容貌魁伟，同僚都很敬重他。萧顺之作豫州刺史时，任命他为典签，兼任蒙县令。萧顺之升任领军将军后，补任他为主簿。唐宀禹之进犯东一陽一，萧顺之率兵东讨，让僧珍主管行军各局的事务。僧珍家在建一陽一门东，自从领受命令担当职务后，每天从建一陽一门过，都不进自己家门。萧顺之因此对他更加了解信任。司空陈显达出兵沔一陽一北，看到他而招呼他入座，对他说：“你有贵人相，最终也不会遭贬抑，要好好努力。”
齐建武二年(495)，魏军南攻，五路并进。萧衍率军援助义一陽一，僧珍随从在军中。当时萧懿为梁州刺史，魏军围困数月，义一陽一和雍州道路被截断。萧衍想派使者到襄一陽一，打听梁州的消息，众人没人敢去，僧珍却坚决要求担任使节，当天驾一条小船上路。等到襄一陽一，督促派遣援军，又拿到萧懿的书信返回，萧衍对他十分赞赏。
齐东昏侯即位，司空徐孝嗣管理朝政，想让僧珍和他一块共事，僧珍知道齐朝不久就要败亡，终竟没有去。萧衍到雍州后，僧珍坚决要求西归，于是朝廷让他补了一个己阝县令。等到任后，萧衍任命他为中兵参军，把他当作心腹骨干。僧珍偷偷地蓄养为他效力卖命的人，投奔他的人很多。萧衍也招揽勇武之士，上下响应，聚集了万余人。然后命人勘察城西空地，计划盖几千间房屋作为驻扎之处。砍伐很多竹材，沉在檀溪里，积蓄的茅草堆得像小山，都没有派上用场。只有僧珍明白他的心意，于是私自准备了几百只船桨。等萧衍起兵时，把檀溪里的竹子都取了出来，打造成战船，上边用茅草覆盖，都很快办齐了。军队将要出发，众将士需要船桨很多，僧珍把他先前准备的拿出来，每船发给两只，争夺才算停息。
萧衍任僧珍为辅国将军、步兵校尉，出入他的卧室，传达他的意旨。大军驻在江宁，萧衍派僧珍和王茂率一精一兵先登赤鼻逻。那天，东昏侯大将李居士来战，僧珍等人一大败了他，于是与王茂进军白板桥，筑起城垒后，王茂移军驻越城，僧珍守白板。李居士知道城内兵少，径直前来迫近城垒。僧珍对将士们说：“现在我们力量敌不过他们，不可交战，也不要远射。一定要等他们进到壕堑里面，再努力打败他们。”不久敌军都越过壕堑，僧珍分派人上城，自率马步军三百人出击敌人背后，内外一齐夹击，居士等人立时奔逃溃散。等到武帝受禅，任命他为冠军将军、前军司马，封平固县侯。又升任左卫将军，加散骑常侍，进入秘书省当班，总管皇宫警卫。
天监四年(505)，梁朝大举北侵，从此僧珍白天到中书省值勤，晚上回秘书省。五年退兵，以他的本官职衔担任太子中庶子。
僧珍离家日久，上表请求回家祭扫坟墓，武帝想让他作家乡的长官以增其荣耀，于是委任他为南兖州刺史。僧珍在任上，与士大夫相见迎送注重礼节，对下属一视同仁，对亲戚不徇私情。兄弟们在外堂时，都不让入座，指着客座对他们说：“这是兖州刺史的座位，不是吕僧珍的座位。”等到了别的房内，便促膝而坐一如往常。他的一个堂兄弟原来以卖葱为业，僧珍到任后，就弃业要求在州里作官。僧珍说：“我蒙受国家重恩，没有什么可报效，你们各有自己的本分，怎能有非分要求。应该赶快回到葱铺里去。”僧珍旧宅在城北，门前有督邮官署，人们都劝他把督邮官署迁走来扩大自己的宅院。僧珍发怒说：“怎么能挪动朝廷官署来扩大我的私宅呢！”他的姐姐嫁给于氏，住在城西临街的小屋里，和做买卖的铺子杂处。僧珍经常由随从带路到姐姐家去，并不以此为耻。
在南兖州百日后，征召回京作领军将军，和先前一样在秘书省任职。经常用自己的车子运水洒宫内道路。僧珍立有大功，又是朝廷心腹骨干，但一性一情恭敬谨慎。在宫内值班，盛夏也不敢解一衣。每当在御座前侍候，都是屏气躬身，对瓜果食物从未动过筷子。有一次因为喝醉后拿了一个柑子来吃，武帝笑着对他说：“你今天真是大有长进。”除正常的俸禄外，又每月给他十万钱，其余的赏赐经常不断。
当初，武帝起兵时，久攻郢州不下，众人都要北撤，只有僧珍不肯，过了好几天才顺从大家。一天夜里，他忽然头疼发烧，等到天明额骨更大了，恐怕是他的骨相异于常人。
天监十年(511)，僧珍病重，武帝车驾亲临探视，宫廷使者送医药每天有三四次。僧珍对亲友们说：“我从前在蒙县发一热病，当时认为一定不行了。主上对我说，‘你有富贵相，必定死不了’。不久果然痊愈。我如今已经富贵，而又发一热病，其病症和那时恰恰一样，必定不能再好了。”后来果然像他说的那样死在领军的官舍里。武帝当天就亲临问丧，赠骠骑将军、开府仪同三司，谥为“忠敬”。武帝痛惜他的死亡，说起他来就掉泪。他的儿子吕淡继承其位。
起先，宋季雅被罢免南康郡守，在僧珍住宅旁买下房子住。僧珍问他房价，回答说“一千一百万”。僧珍奇怪价钱怎么这么贵，季雅说：“一百万买房子，一千万买邻居。”僧珍生儿子时，季雅去道贺，在礼封上写“钱一千”。把门的认为太少，不给他通报，他一再要求才能进门。僧珍对此怀疑，亲自拆封，原来是金钱。于是对武帝说起此事，陈述他的才能，武帝使他作壮武将军、衡州刺史。宋季雅将要赴任时，对他的亲近人说：“不可以辜负吕公。”在衡州任上干得很有成绩。