河东人裴仁基，字德本。
祖父裴伯凤，北周汾州刺史。
父亲裴定，上仪同。
仁基年少时就很骁勇，善习弓马。
开皇初，裴仁基为亲卫。
平定陈国时，他冲锋陷阵，授仪同，赐缣纟采上千段。
后以本官身份兼任汉王杨谅王府的亲信。
炀帝继位后，杨谅举兵造反，仁基苦劝。
杨谅大怒，把他关在牢里。
杨谅失败后，炀帝夸奖他，越级提拔他当护军。
过了几年，改授他为武贲郎将，随将军李景到黔安讨伐反叛的蛮贼向思多，因战功升任银青光禄大夫，赐奴婢百口，绢五百匹。
在张掖打败吐谷浑，加授金紫光禄大夫。
斩杀、俘虏进犯的革末革曷，授为左光禄大夫。
随炀帝征讨高丽，升任光禄大夫。
炀帝巡幸江都，李密占据洛口。
朝廷令裴仁基为河南道讨捕大使，占据武牢以抵抗李密。
后荥一陽一通守张须陀被李密所杀，裴仁基全部接收他的部下，每每与李密作战，都杀死、俘虏了李密的不少人马。
当时隋朝大乱，有功也不被记录奖赏。
仁基见强敌在前，部队疲劳，因此所得的军用物资，马上分给部下。
监军御史萧怀静常常阻止他，部下都很怨恨。
萧怀静又偷偷地抓住了仁基的这短那长，想上告朝廷弹劾他。
仁基惧怕，于是杀了萧怀静，率部投靠了李密。
李密以他为河东郡公。
其子裴行俨，骁勇善战，李密又封他为绛郡公，对他很重用，很亲近。
王世充因东都粮尽，率领全部人马到偃师，与李密决战。
李密问计于诸将，仁基回答说：“世充尽率一精一兵而至，洛一陽一必定空虚，我们可以分兵守其要路，使他不能向东。
另挑一精一兵三万，沿黄河西出，以一逼一近东都洛一陽一。
世充回去，我们却按兵不动；世充重出，我军又一逼一东都。
这样，我们就有余力，而他却疲于奔命，就是兵法上说的‘敌出我归，敌归我出，数战以疲劳敌军，多方以贻误敌军’。”李密说：“你知其一，不知其二。
东都洛一陽一的兵马有三方面我军不可阻挡：兵器一精一良，这是一；决计而来，这是二；粮尽求斗，这是三。
我按兵蓄力，以观其敝，他求斗不得，欲走无路，不过十天，王世充的头可以悬挂在麾下。”单雄信等将领轻视王世充，都请求出战，仁基苦争而不能阻止。
李密难以违背诸将的话，于是与王世充决战，于是吃了大败仗。
仁基被王世充俘虏。
王世充因为他父子都是骁将，深深地礼遇他们，把兄长的女儿嫁给裴行俨。
王世充称帝后，任裴仁基为礼部尚书，裴行俨为左辅大将军。
裴行俨每有攻战，都所向披一靡一，号为“万人敌”。
王世充怕他的威名，对他很有些防范、猜忌。
裴仁基知道他的意思，心中不安，于是就与王世充所任命的尚书左丞宇文儒童、尚食直长陈谦、秘书丞崔德本等人谋反。
仁基令陈谦在给王世充进食时，拿匕首劫持王世充，令裴行俨率兵在台阶下接应。
大局确定后，就拥立越王杨侗为帝以辅佐之。
事变快开始时，将军张童仁知其谋而告发了他们，他们都被王世充所杀。