恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，进位为太宰，加衮冕之服，用绿色印带。桓玄篡位，以帝为石陽县公，与安帝一起住在寻陽。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃马挥戈，直至阶下，..目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下一床一对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下马拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司马，兼司徒，受到特殊礼遇。
安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司马、从事中朗四人，加赐羽葆鼓吹。
义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司马有明德而又为宗室之亲，太尉德高而功大，使人伦有序，陰陽协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人高雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之道，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲轮征召才秀之士，而异人辈出，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司马、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马位高任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征一途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起出征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心粗略得以实现。则此次出征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。
义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸乱，才保持皇极之位，统一六一合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司马、琅王牙王，为先皇亲子，明德茂美，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中道，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我高祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。
元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星出现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐器悬而不奏。以骠骑将军刘道怜为司空。
秋八月，刘裕移镇寿陽。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。
九月，刘裕自己解去扬州的职务。
冬十月二十八日，刘裕以其子刘义真为扬州刺史。
十一月初一，日蚀。
十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。
元熙二年(420)夏六月初九，刘裕回到京师。傅亮受刘裕密旨，劝恭帝禅位于刘裕，起草了诏书，让恭帝抄写。恭帝欣然对左右的人说：“晋氏的权一柄一早已丧失，今天又有何恨。”就用赤纸写了诏书。十一日，退位回到琅王牙王府第。刘裕封恭帝为零陵王，居住在秣陵，使用晋的历法，车骑服色不改，只是不行天子之礼。从此之后，恭帝深虑灾祸到来，褚皇后常在身边，饮食用品都由褚皇后经手，故宋人无机会下手。宋武帝永初二年(421)九月丁丑这天，刘裕使褚后兄褚叔度请褚后，有了机会，武士越墙而入，将恭帝杀死在内房，终年三十六岁。谥号恭皇帝。葬于冲平陵。
恭帝幼时一性一格残忍而暴躁，到封国以后，曾使善射者射马作游戏。事后有人说：“马是国君之姓，而自己射死马，这是很不吉祥的。”恭帝也感悟到这一点，很后悔。以后又笃信佛教，用成千上万的钱币，铸成丈六金像，亲自在瓦官寺迎接，步行十几里。安帝智力低下，恭帝常在左右伺候，调解冷暖饮食作息，以恭谨闻名，受到人们的称赞。
南渡开始，元帝在丁丑年(317)称晋王，建立宗庙，使郭璞占卜，说：“享有天下二百年。”禅位那年是庚申年(420)，从丁丑到庚申为一百零四年。而丁丑年仍属西晋，庚申年算在宋朝，只剩下一百零二年。郭璞大概认为一百零二年太短促，故意将数字颠倒过来，含蓄地说成二百年。